Nông Văn Vân là người Tày ở châu Bảo Lạc, là một châu vùng cao ở tỉnh Tuyên Quang (nay thuộc tỉnh Cao Bằng). Tổ tiên ông vốn nhiều đời lĩnh quyền cai quản nơi đây. Căn cứ sách Bắc Kỳ tiễu phỉ, khoảng giữa thế kỷ 18 đời nhà Hậu Lê, Nông Văn Bật được cử làm thổ ty châu Bảo Lạc. Thời Tây Sơn, con cháu ông Bật là Nông Văn Liêm lên thay. Sang thời Nguyễn, sau khi ông Liêm và con trưởng là Nông Văn Trang mất, người con thứ hai là Nông Văn Vân lên giữ chức Tri châu [2].